Living with Michael Jackson si apre con Bashir che spiega come sia riuscito a convincere Jackson a sottoporsi all'intervista.
Inizia quindi con le immagini al Neverland Ranch, dove Bashir passeggia nella tenuta e sfida Jackson in una gara a race car.
In seguito, Jackson spiega come scrive le canzoni e come compone i testi. Su richiesta da Bashir, dimostra anche come danza dicendo che la musica lo incarna completamente. Successivamente Jackson ammette che il tema della casa è ispirato a Peter Pan, perché egli si sente Peter Pan. Vanno poi al "Giving Tree", un albero nel quale Jackson prende ispirazione per scrivere le sue canzoni. Mentre Jackson e Bashir guardano delle riprese dei Jackson 5, Jackson si commuove ricordando come il padre Joe Jackson li maltrattava. Ammette allora che provava odio e paura per suo padre, ed è proprio per queste esperienze che lui non ha mai alzato una mano contro i suoi figli. Bashir commenta facendo notare che questa esperienza deve aver avuto un profondo impatto sul giovane Michael.
Dopo Neverland, Bashir segue Michael al Four Seasons Hotel di Las Vegas. Qui, Jackson parla del suo cambiamento di aspetto, e dell'amore per i suoi figli. Rivela che durante i suoi primi tour, i suoi fratelli spesso avevano rapporti sessuali con delle ragazze mentre lui fingeva di dormire.
Quando Bashir gli chiede delle sue relazioni, Jackson racconta di una volta in cui la sua ex fidanzata Tatum O'Neil voleva fare l'amore con lui, ma lui si tirò indietro all'ultimo momento. Bashir e Jackson visitano anche un centro commerciale dove arriva a spendere anche un milione di dollari.
Si giunge quindi al tema del cambiamento del suo aspetto, ma Jackson nega di essere ricorso molte volte alla chirurgia plastica sulla sua faccia. Poi parla di aver sofferto di acne durante l'adolescenza, e che il padre lo prendeva in giro per il suo naso.
Bashir incontra i figli di Michael, Prince e Paris, i quali però indossano una maschera per non essere riconoscibili in video.
Jackson poi va a Berlino dove visita anche lo Zoo, partecipa ad un'asta di beneficenza e riceve un Premio per l'impegno umanitario ai Bambi Awards.
Tornato a Neverland, Jackson rivela che consente ai bambini svantaggiati ospitati nel ranch di restare nel suo letto. Gavin Arvizo, che era allora malato di cancro, dichiara che è stato il supporto di Jackson ad aiutarlo a guarire. Bashir però resta sorpreso dalla rivelazione di Jackson, ma il cantante ammette di aver lasciato il suo letto al ragazzino malato mentre lui dormì per terra. Il cantante spiega che la sua più grande ispirazione viene dai ragazzi.
Bashir però continua a dichiarare, nella voce aggiunta al montaggio, di essere sorpreso dalle dichiarazioni di Jackson.
A gennaio del 2003, Bashir incontra Jackson a Miami per terminare l'intervista e torna alla tematica dell'aspetto della faccia. Jackson dichiara di aver avuto solo due operazioni, per modificare il naso. Bashir comunque aggiungerà i suoi commenti, dichiarando che secondo lui Jackson volle modificare il suo aspetto dopo la travagliata adolescenza e gli insulti ricevuti dal padre.
Bashir successivamente chiede un commento a Jackson sul fatto che suo figlio Prince dichiara di non avere una madre. Jackson allora dice che Deborah Rowe fece i suoi due figli come dono per lui, perché lui voleva essere padre. Per quanto riguarda la madre del suo terzo figlio, Blanket, Michael Jackson dice che ha firmato un accordo per cui non può parlare di lei e della sua identità .
Nella parte più controversa del documentario, Bashir insiste nel chiedere a Jackson il motivo per cui invita dei bambini nella sua camera. Jackson dice che alcuni bambini come Macaulay Culkin, Kieran e gli altri fratelli e sorelle hanno dormito con lui nello stesso letto, ma nega che ci siano stati contatti sessuali. Dice anche di per lui non ci sono problemi se i suoi figli restassero dai suoi amici di cui si fida, ad esempio Barry Gibb.
A causa del patto di riservatezza, Jackson non può parlare delle accuse che gli furono rivolte nel 1993, ma rivela che decise di pagare la cifra richiesta dagli accusatori perché non voleva interrompere la sua carriera per un processo di lunga durata.
Dopo la messa in onda, la madre di Gavin Arvizo muove accuse di molestie su minori.
Inizialmente, Thomas Sneddon le risponde che, secondo le leggi della California, dormire con un bambino senza avere comportamenti scorretti non è considerato reato.
Jackson si sentì tradito da Bashir, accusandolo di dare un'immagine distorta della realtà . Sostiene, infatti, che Bashir ha utilizzato, per la versione finale dell'intervista, soltanto il materiale che supportava i pregiudizi di Bashir e che quindi rendevano un'immagine negativa del cantante.
Jackson presentò reclamo alla Independent Television Commission e alla Broadcasting Standards Commission del Regno Unito.
Gli avvocati di Jackson presso la British High Court accusarono Martin Bashir e Granada TV che il documentario violava il contratto e non rispettava la fiducia datagli da Michael Jackson. Il processo però venne fermato quando Jackson fu accusato con 10 capi di imputazione alla fine del 2003.
Dopo essere stato scagionato da tutte le accuse nel giugno del 2005, avrebbe la possibilità di continuare il processo contro Bashir e Granada TV.
La responsabile per le pubbliche relazioni di Michael Jackson, Ann Kite, ha definito il documentario un "disastro".
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